A dúvida que o senhor tem é porque a concessão do abono de permanência do seu ex-colega de trabalho, provavelmente, foi antes do ano de 2010, quando, juridicamente, o abono de permanência estava isento da incidência de imposto de renda.
Contudo, por ter o Superior Tribunal de Justiça (STJ) definido que a partir de 2010 deve incidir imposto de renda sobre o abono de permanência (REsp nº 1.192.556/PE), a tributação nos seus contracheques está correta.
Ressalte-se, por oportuno, que apesar do mencionado posicionamento se encontrar em vigência, ainda não possui caráter definitivo, podendo, portanto, ser modificado para que não mais ocorra incidência fiscal.